در تعیین هویت، سامانه پس از دریافت داده های بیومتریکی ارائه شده توسط فرد یا کاربر سامانه به مقایسه داده ها با کلیه اطلاعات ثبت شده در مرجع (بانک اطلاعاتی) می پردازد. در این حالت فرض بر این است که اطلاعات فرد در سامانه وجود دارد.
به این ترتیب نیازی نیست که کاربر قبل از مقایسه داده های بیومتریکی اش ادعای هویت خاصی را داشته باشد. در واقع تعیین هویت، پاسخ به این سوال است که " او چه کسی است؟
لازم به ذکر است که تعیین هویت به دو صورت اجرا می شود؛ تعیین هویت مثبت و تعیین هویت منفی. در تعیین هویت مثبت سامانه جهت اثبات وجود یک داده بیومتریکی در بانک اطلاعاتی، عمل مقایسه و جستجو را انجام می دهد. در این حالت، هدف اجازه یافتن برای ورود در سامانه است. یک سامانه با تعیین هویت مثبت امکان استفاده چندین نفر از یک هویت مشترک را از بین می برد. در تعیین هویت منفی، نبود داده بیومتریکی در سامانه- مشابه الگوی ارائه شده توسط کاربر - بررسی می شود و منظور از آن جلوگیری از ورود فرد غیر مجاز به سامانه است. یک سامانه با تعیین هویت منفی امکان استفاده از چند هویت توسط یک نفر را از بین می برد .